• 1 : Côte chalonnaiseAluze;Bissy-sur-Fley;Bouzeron;Burnand;Chagny;Chamilly;Charrecey;Chassey-le-Camp;Cheilly-lès-Maranges;Chenôves;Collonge-en-Charollais;Couches;Culles-les-Roches;Curtil-sous-Burnand;Dennevy;Fley;Fontaines;Genouilly;Givry;Jambles;Joncy;Montagny-lès-Buxy;Moroges;Remigny;Rully;Saint-Clément-sur-Guye;Saint-Denis-de-Vaux;Saint-Désert;Saint-Gengoux-le-National;Saint-Gilles;Saint-Jean-de-Trézy;Saint-Léger-sur-Dheune;Saint-Martin-sous-Montaigu;Saint-Vallerin;Saint-Ythaire;Saisy;Saules;Savigny-sur-Grosne
• 2 : Site des monts du Mâconnais et des roches de Solutré-Pouilly et VergissonBussières;Leynes;Solutré-Pouilly;Vergisson
• 3 : Prairies et forêts inondables du Val de Saône entre Chalon et Tournus et de la basse vallée de la GrosneBaudrières;Beaumont-sur-Grosne;Boyer;Chapelle-de-Bragny;Épervans;Gigny-sur-Saône;Laives;Lalheue;Marnay;Messey-sur-Grosne;Ormes;Ouroux-sur-Saône;Saint-Ambreuil;Saint-Cyr;Saint-Germain-du-Plain;Saint-Loup-de-Varennes;Santilly;Simandre;Varennes-le-Grand
• 4 : Prairies alluviales et milieux associés de Saône-et-LoireBey ;Chapelle-de-Guinchay ;Ciel ;Crêches-sur-Saône ;Damerey ;Frangy-en-Bresse ;Lacrost ;Montcony ;Saint-Germain-du-Bois ;Saint-Maurice-en-Rivière ;Saint-Usuge ;Sens-sur-Seille ;Tartre ;Tournus ;Varennes-lès-Mâcon ;Verdun-sur-le-Doubs ;Verjux
• 5 : Basse Vallée de la SeilleBantanges;Branges;Brienne;Cuisery;Genête;Huilly-sur-Seille;Jouvençon;Loisy;Louhans;Préty;Rancy;Ratenelle;Romenay;Savigny-sur-Seille;Sornay;Truchère
• 6 : Prairies, bocages, milieux tourbeux et landes sèches de la vallée de la BelaineAnzy-le-Duc;Briant;Marcigny;Oyé;Saint-Christophe-en-Brionnais;Saint-Didier-en-Brionnais;Sainte-Foy;Saint-Julien-de-Jonzy;Sarry;Semur-en-Brionnais;Varenne-l'Arconce
• 7 : Étangs à Cistude d’Europe du charolaisRousset-Marizy;Martigny-le-Comte;Pouilloux
• 8 : Bocage, forêts et milieux humides du bassin de la Grosne et du clunisoisAzé ;Bergesserin ;Berzé-le-Châtel ;Berzé-la-Ville ;Bissy-sous-Uxelles ;Blanot ;Bourgvilain ;Bray ;Bresse-sur-Grosne ;Buffières ;Champagny-sous-Uxelles ;Chapaize ;Chapelle-du-Mont-de-France ;Chapelle-sous-Brancion ;Château ;Chiddes ;Chissey-lès-Mâcon ;Navour-sur-Grosne ;Cluny ;Cormatin ;Cortambert ;Cruzille ;Curtil-sous-Buffières ;Dompierre-les-Ormes ;Donzy-le-Pertuis ;Étrigny ;Flagy ;Igé ;Jalogny ;Lournand ;Malay ;Mancey ;Martailly-lès-Brancion ;Massilly ;Matour ;Mazille ;Montmelard ;Sainte-Cécile ;Saint-Léger-sous-la-Bussière ;Saint-Pierre-le-Vieux ;Saint-Point ;Saint-Vincent-des-Prés ;Sivignon ;Sologny ;Suin ;Tramayes ;Trambly ;Trivy ;Verzé ;Vineuse sur Fregande
• 9 : Forêt de ravin et landes du vallon de Canada, barrage du Pont du RoiAuxy;Morlet;Saint-Émiland;Saint-Martin-de-Commune;Sully;Tintry
• 10 : Basse vallée du Doubs et étangs associés (71)Charette-Varennes;Fretterans;Lays-sur-le-Doubs;Longepierre;Navilly;Pourlans;Authumes ;Chapelle-Saint-Sauveur ;Frontenard ;Mouthier-en-Bresse ;Pierre-de-Bresse ;Pontoux ;Saint-Bonnet-en-Bresse
• 11 : Landes sèches et milieux tourbeux du bois du BreuilCronat;Maltat;Vitry-sur-Loire
• 12 : Val de Loire bocagerArtaix ;Baugy ;Bourbon-Lancy ;Bourg-le-Comte ;Chambilly ;Digoin ;Gilly-sur-Loire ;Hôpital-le-Mercier ;Iguerande ;Lesme ;Melay ;Motte-Saint-Jean ;Perrigny-sur-Loire ;Saint-Agnan ;Saint-Aubin-sur-Loire ;Saint-Martin-du-Lac ;Saint-Yan ;Varenne-Saint-Germain ;Vindecy
• 13 : Combes de la Côte dijonnaiseGilly-lès-Cîteaux ; Vougeot
• 14 : Les habitats naturels de l’Arrière-côte de BeauneSantenay;Change;Créot;Dezize-lès-Maranges;Paris-l'Hôpital;Saint-Gervais-sur-Couches;Saint-Sernin-du-Plain
• 15 : Arrière Côte de Dijon et de BeauneAntheuil ;Arcenant ;Arcey ;Aubaine ;Aubigny-la-Ronce ;Auxey-Duresses ;Barbirey-sur-Ouche ;Baubigny ;Beaune ;Bessey-en-Chaume ;Bévy ;Bligny-sur-Ouche ;Bouilland ;Bouze-lès-Beaune ;Brochon ;Bussière-sur-Ouche ;Chambœuf ;Chambolle-Musigny ;Chaux ;Chenôve ;Chevannes ;Valforêt ;Collonges-lès-Bévy ;Colombier ;Comblanchien ;Corcelles-les-Monts ;Corgoloin ;Cormot-Vauchignon ;Couchey ;Crugey ;Curley ;Curtil-Vergy ;Cussy-la-Colonne ;Détain-et-Bruant ;Échevronne ;Étang-Vergy ;Fixin ;Flavignerot ;Fleurey-sur-Ouche ;Fussey ;Gergueil ;Gevrey-Chambertin ;Gissey-sur-Ouche ;Val-Mont ;Lusigny-sur-Ouche ;Magny-lès-Villers ;Marey-lès-Fussey ;Marsannay-la-Côte ;Mavilly-Mandelot ;Meloisey ;Messanges ;Meuilley ;Meursault ;Montceau-et-Écharnant ;Monthelie ;Morey-Saint-Denis ;Nantoux ;Nolay ;Nuits-Saint-Georges ;Pernand-Vergelesses ;Pommard ;Premeaux-Prissey ;Puligny-Montrachet ;Reulle-Vergy ;Rochepot ;Saint-Aubin ;Saint-Jean-de-Bœuf ;Sainte-Marie-sur-Ouche ;Saint-Romain ;Saint-Victor-sur-Ouche ;Santosse ;Savigny-lès-Beaune ;Segrois ;Semezanges ;Ladoix-Serrigny ;Ternant ;Thorey-sur-Ouche ;Urcy ;Velars-sur-Ouche ;Veuvey-sur-Ouche ;Villars-Fontaine ;Villers-la-Faye ;Volnay ;Vosne-Romanée
• 16 : Montagne côte d’orienneChaignay;Curtil-Saint-Seine;Darois;Épagny;Étaules;Francheville;Hauteville-lès-Dijon;Messigny-et-Vantoux;Moloy;Norges-la-Ville;Panges;Pasques;Poiseul-lès-Saulx;Poncey-sur-l'Ignon;Prenois;Saint-Martin-du-Mont;Saulx-le-Duc;Val-Suzon;Vernot
• 17 : Massifs forestiers et vallées du châtillonnaisAignay-le-Duc ;Baigneux-les-Juifs ;Beaulieu ;Beaunotte ;Bellenod-sur-Seine ;Billy-lès-Chanceaux ;Buncey ;Busseaut ;Bussières ;Duesme ;Essarois ;Étalante ;Fraignot-et-Vesvrotte ;Frénois ;Grancey-le-Château-Neuvelle ;Lamargelle ;Léry ;Maisey-le-Duc ;Mauvilly ;Meulson ;Minot ;Montmoyen ;Nod-sur-Seine ;Oigny ;Origny ;Orret ;Pellerey ;Poiseul-la-Grange ;Poiseul-la-Ville-et-Laperrière ;Quemigny-sur-Seine ;Salives ;Terrefondrée ;Vanvey ;Villiers-le-Duc ;Voulaines-les-Templiers
• 18 : Milieux forestiers du Châtillonnais avec marais tufeux et sites à sabot de Vénus
• 19 : Marais tufeux du ChâtillonnaisAvot;Beneuvre;Brémur-et-Vaurois;Bure-les-Templiers;Chanceaux;Cussey-les-Forges;Échalot;Frôlois;Goulles;Gurgy-le-Château;Leuglay;Lignerolles;Marey-sur-Tille;Moitron;Recey-sur-Ource;Rochefort-sur-Brévon;Saint-Broing-les-Moines;Saint-Germain-le-Rocheux;Vernois-lès-Vesvres;Villedieu
• 20 : Forêt de Cîteaux et environsAgencourt;Argilly;Aubigny-en-Plaine;Auvillars-sur-Saône;Bagnot;Bessey-lès-Cîteaux;Boncourt-le-Bois;Bonnencontre;Broin;Charrey-sur-Saône;Chivres;Corberon;Corcelles-lès-Cîteaux;Corgengoux;Flagey-Echézeaux;Gerland;Glanon;Izeure;Labergement-lès-Seurre;Magny-lès-Aubigny;Montmain;Noiron-sous-Gevrey;Pouilly-sur-Saône;Saint-Bernard;Saint-Nicolas-lès-Cîteaux;Villebichot;Villy-le-Moutier;Écuelles;Palleau
• 21 : Milieux humides, forêts, pelouses et habitats à Chauves-souris du MorvanArnay-le-Duc;Champeau-en-Morvan;Foissy;Marcilly-Ogny;Mimeure;Motte-Ternant;Saint-Andeux;Saint-Germain-de-Modéon;Saint-Prix-lès-Arnay;Saulieu;Sussey;Thoisy-la-Berchère;Vic-sous-Thil;Villargoix;Alligny-en-Morvan;Alluy;Arleuf;Biches;Brassy;Brinay;Chaumot;Chitry-les-Mines;Corancy;Corbigny;Dun-les-Places;Fâchin;Gâcogne;Gien-sur-Cure;Glux-en-Glenne;Larochemillay;Lavault-de-Frétoy;Lormes;Marigny-l'Église;Marigny-sur-Yonne;Montsauche-les-Settons;Moux-en-Morvan;Pazy;Planchez;Saint-Agnan;Saint-André-en-Morvan;Saint-Brisson;Vauclaix;Villapourçon;Grande-Verrière;Roussillon-en-Morvan;Saint-Léger-sous-Beuvray;Saint-Prix;Avallon;Chastellux-sur-Cure;Domecy-sur-Cure;Foissy-lès-Vézelay;Magny;Pierre-Perthuis;Pontaubert;Quarré-les-Tombes;Saint-Brancher;Saint-Léger-Vauban;Saint-Père
• 22 : Marais tourbeux du plateau de Langres (secteur Sud-Ouest)
• 23 : Pelouses et fruticées de la Côte oxfordienne de Bologne à LatreceyVeuxhaulles-sur-Aube
• 24 : Combes DerniersCrouzet;Pontets;Reculfoz;Rondefontaine
• 25 : Tourbières et ruisseaux de MoutheMouthe
• 26 : Vallée du Drugeon et du Haut-DoubsBannans ;Bonnevaux ;Boujailles ;Bouverans ;Bulle ;Chaffois ;Cluse-et-Mijoux ;Dompierre-les-Tilleuls ;Fourgs ;Frasne ;Granges-Narboz ;Grangettes ;Houtaud ;Malpas ;Oye-et-Pallet ;Planée ;Rivière-Drugeon ;Sainte-Colombe ;Verrières-de-Joux ;Bief-du-Fourg ;Mignovillard
• 27 : Vallons de la Drésine et de la BonavetteLabergement-Sainte-Marie;Malbuisson;Remoray-Boujeons;Saint-Point-Lac;Vaux-et-Chantegrue
• 28 : Le Crêt des RochesPierrefontaine-lès-Blamont;Pont-de-Roide-Vermondans
• 29 : Côte de ChampvermolBourguignon;Mandeure;Mathay
• 30 : Tourbières et lacs - Chapelle-des-Bois et Bellefontaine
• 31 : Massif du Mont-d’Or, du Noirmont et du RisolChapelle-des-Bois ;Chaux-Neuve ;Gellin ;Jougne ;Longevilles-Mont-d'Or ;Métabief ;Petite-Chaux ;Rochejean ;Sarrageois ;Villedieu
• 32 : Vallées de la Loue et du LisonAmancey ;Amondans ;Arc-et-Senans ;Arc-sous-Cicon ;Aubonne ;Bartherans ;Brères ;Buffard ;Busy ;Cademène ;Cessey ;Chantrans ;Charnay ;Chassagne-Saint-Denis ;Châteauvieux-les-Fossés ;Châtillon-sur-Lison ;Chay ;Chenecey-Buillon ;Chouzelot ;Cléron ;Courcelles ;Crouzet-Migette ;Cussey-sur-Lison ;Durnes ;Échay ;Échevannes ;Épeugney ;Étalans ;Éternoz ;Fertans ;Flagey ;Goux-sous-Landet ;Guyans-Durnes ;Lavans-Quingey ;Lavans-Vuillafans ;Lizine ;Lods ;Lombard ;Longeville ;Malans ;Malbrans ;Mesmay ;Montgesoye ;Montmahoux ;Mouthier-Haute-Pierre ;Myon ;Nans-sous-Sainte-Anne ;Premiers Sapins ;Ornans ;Ouhans ;Palantine ;Pessans ;Quingey ;Renédale ;Rennes-sur-Loue ;Rouhe ;Rurey ;Sainte-Anne ;Saraz ;Saules ;Scey-Maisières ;Silley-Amancey ;Tarcenay-Foucherans ;Villeneuve-d'Amont ;Vorges-les-Pins ;Vuillafans ;Champagne-sur-Loue ;Cramans ;Dournon ;Geraise ;Grange-de-Vaivre ;Port-Lesney
• 33 : Moyenne Vallée du DoubsBesançon;Gonsans;Adam-lès-Passavant ;Baume-les-Dames ;Chalèze ;Champlive ;Cusance ;Deluz ;Esnans ;Fontain ;Fourbanne ;Gennes ;Guillon-les-Bains ;Hyèvre-Magny ;Hyèvre-Paroisse ;Laissey ;Mérey-sous-Montrond ;Montfaucon ;Morre ;Novillars ;Ougney-Douvot ;Pont-les-Moulins ;Roche-lez-Beaupré ;Roulans ;Saint-Juan ;Saône ;Silley-Bléfond ;Vaire ;Vèze;Abbans-dessous;Avanne-Aveney;Beure;Blussangeaux;Blussans;Bremondans;Busy;Byans-sur-Doubs;Clalezeule;Chaux-lès-Passavant;Epenouse;Gonsans;Grandfontaine;La Vèze;Les Monts-Ronds;L'Isle-sur-le-Doubs;Montferrand-le-Château;Nancray;Osselle-Routelle;Rancenay;Rang;Roset-Fluans;Saint-Vit;Thise;Torpes;Villers-Chief;Villers-Saint-Martin;Vorges-les-Pins
• 34 : Vallée du DessoubreBattenans-Varin ;Belleherbe ;Bief ;Bonnétage ;Bréseux ;Bretonvillers ;Burnevillers ;Chamesol ;Charmoille ;Terres-de-Chaux ;Consolation-Maisonnettes ;Cour-Saint-Maurice ;Courtefontaine ;Domprel ;Écorces ;Fleurey ;Fontenelles ;Fournet-Blancheroche ;Frambouhans ;Fuans ;Germéfontaine ;Glère ;Guyans-Vennes ;Indevillers ;Landresse ;Laval-le-Prieuré ;Laviron ;Liebvillers ;Longevelle-lès-Russey ;Loray ;Mancenans-Lizerne ;Montancy ;Montandon ;Mont-de-Laval ;Mont-de-Vougney ;Montécheroux ;Montjoie-le-Château ;Noirefontaine ;Orgeans-Blanchefontaine ;Pierrefontaine-les-Varans ;Plaimbois-du-Miroir ;Plaimbois-Vennes ;Plains-et-Grands-Essarts ;Rosureux ;Russey ;Saint-Hippolyte ;Saint-Julien-lès-Russey ;Sommette ;Soulce-Cernay ;Valoreille ;Vaucluse ;Vauclusotte ;Vaufrey ;Vennes
• 35 : Bresse jurassienneArlay ;Balaiseaux ;Bersaillin ;Biefmorin ;Bletterans ;Bois-de-Gand ;Bretenières ;Chaînée-des-Coupis ;Champrougier ;Chapelle-Voland ;Charme ;Chassagne ;Chateley ;Chaumergy ;Chaux-en-Bresse ;Chemenot ;Chêne-Bernard ;Colonne ;Commenailles ;Deschaux ;Desnes ;Deux-Fays ;Fontainebrux ;Foulenay ;Francheville ;Gatey ;Larnaud ;Lombard ;Mantry ;Oussières ;Pleure ;Recanoz ;Relans ;Rye ;Sellières ;Sergenaux ;Sergenon ;Tassenières ;Vers-sous-Sellières ;Villevieux ;Villey ;Vincent-Froideville ;Beauvernois
• 36 : Vallée de l’Orbe
• 37 : La combe du LacLamoura;Prémanon
• 38 : GrandvauxChaumusse;Saint-Laurent-en-Grandvaux;Saint-Pierre
• 39 : Combe du NanchezNanchez;Grande-Rivière Château
• 40 : Plateau du LizonCrozets;Lavans-lès-Saint-Claude;Leschères;Moirans-en-Montagne;Ravilloles;Coteaux du Lizon
• 41 : Forêt de ChauxLiesle ;Roset-Fluans ;Augerans ;Belmont ;Chatelay ;Chissey-sur-Loue ;Éclans-Nenon ;Étrepigney ;Fraisans ;Germigney ;Loye ;Our ;Plumont ;Rans ;Santans ;Vieille-Loye;Fourg ;Villars-Saint-Georges ;Courtefontaine ;Montbarrey ;Salans
• 42 : Massif de la SerreAmange ;Archelange ;Brans ;Châtenois ;Chevigny ;Frasne-les-Meulières ;Gredisans ;Malange ;Menotey ;Moissey ;Offlanges ;Rainans ;Saligney ;Serre-les-Moulières ;Thervay ;Vriange
• 43 : Forêt du MassacreLajoux
• 44 : Reculée des Planches-près-ArboisArbois;Châtelaine;Mesnay;Planches-près-Arbois
• 45 : Reculées de la Haute SeilleBaume-les-Messieurs ;Blois-sur-Seille ;Château-Chalon ;Hauteroche ;Ladoye-sur-Seille ;Nevy-sur-Seille
• 46 : Basse vallée du Doubs (39)Annoire ;Asnans-Beauvoisin ;Baverans ;Brevans ;Champdivers ;Chaussin ;Choisey ;Crissey ;Dole ;Falletans ;Gevry ;Longwy-sur-le-Doubs ;Molay ;Neublans-Abergement ;Parcey ;Peseux ;Petit-Noir ;Rahon ;Saint-Baraing ;Villette-lès-Dole
• 47 : Etival-AssencièreChâtel-de-Joux;Étival;Meussia
• 48 : Entrecôtes du Milieu - MalvauxChaux-des-Crotenay;Foncine-le-Bas;Foncine-le-Haut;Fort-du-Plasne;Planches-en-Montagne
• 49 : Complexe des sept lacs du JuraBonlieu;Châtelneuf;Chaux-du-Dombief;Frasnois;Saint-Maurice-Crillat
• 50 : Vallées et Côtes de la Bienne, du Tacon et du FlumenAvignon-lès-Saint-Claude ;Bouchoux ;Chancia ;Coiserette ;Coyrière ;Jeurre ;Lavancia-Epercy ;Lect ;Longchaumois ;Chassal-Molinges ;Montcusel ;Morbier ;Hauts de Bienne ;Moussières ;Pesse ;Rixouse ;Saint-Claude ;Septmoncel les Molunes ;Vaux-lès-Saint-Claude ;Villard-Saint-Sauveur
• 51 : Forêts, corniches calcaires, ruisseaux et marais de Vulvoz à ViryChoux;Larrivoire;Rogna;Viry;Vulvoz
• 52 : Petite Montagne du JuraArinthod ;Aromas ;Beffia ;Boissière ;Cernon ;Chambéria ;Charchilla ;Charnod ;Chavéria ;Saint-Hymetière-sur-Valouse ;Condes ;Cornod ;Coyron ;Dompierre-sur-Mont ;Dramelay ;Écrille ;Genod ;Gigny ;Montlainsia ;Valzin en Petite Montagne ;Maisod ;Marigna-sur-Valouse ;Monnetay ;Montfleur ;Montrevel ;Onoz ;Orgelet ;Plaisia ;Val Suran ;Sarrogna ;Thoirette-Coisia ;Tour-du-Meix ;Vescles ;Vosbles-Valfin
• 53 : Plateau de MancyLons-le-Saunier;Macornay
• 54 : Massif du RisouxBellefontaine;Bois-d'Amont;Rousses
• 55 : Vallées de la Loire et de l’Allier entre Cher et NièvreCelle-sur-Loire;Challuy;Charité-sur-Loire;Chevenon;Cosne-Cours-sur-Loire;Fourchambault;Garchizy;Germigny-sur-Loire;Gimouille;Langeron;Marche;Mars-sur-Allier;Marzy;Mesves-sur-Loire;Myennes;Neuvy-sur-Loire;Nevers;Pouilly-sur-Loire;Saincaize-Meauce;Sermoise-sur-Loire;Tracy-sur-Loire;Tronsanges;Servance-Miellin
• 56 : Val de Loire nivernaisAvril-sur-Loire ;Charrin ;Cossaye ;Decize ;Devay ;Fleury-sur-Loire ;Lamenay-sur-Loire ;Luthenay-Uxeloup ;Montambert ;Saint-Hilaire-Fontaine
• 57 : Pelouses calcicoles et falaises des environs de ClamecyArmes;Brèves;Clamecy;Dornecy;Oisy;Pousseaux;Rix;Surgy;Varzy
• 58 : Complexe des Etangs du BazoisCollancelle;Vitry-Laché
• 59 : Bocages, forêts et milieux humides des Amognes et du bassin de La MachineBéard;Beaumont-Sardolles;Billy-Chevannes;Bona;Champvert;Cizely;Coulanges-lès-Nevers;Druy-Parigny;Fermeté;Imphy;Limon;Machine;Montigny-aux-Amognes;Vaux d'Amognes;Saint-Benin-d'Azy;Saint-Éloi;Saint-Firmin;Saint-Jean-aux-Amognes;Saint-Léger-des-Vignes;Sainte-Marie;Saint-Ouen-sur-Loire;Saint-Sulpice;Sauvigny-les-Bois;Saxi-Bourdon;Sougy-sur-Loire;Thianges;Trois-Vèvres;Ville-Langy
• 60 : Bocage, Forêts et Milieux humides du Sud MorvanAvrée;Chiddes;Fléty;Fours;Lanty;Limanton;Luzy;Millay;Montaron;Moulins-Engilbert;Nocle-Maulaix;Onlay;Poil;Préporché;Rémilly;Saint-Honoré-les-Bains;Saint-Léger-de-Fougeret;Savigny-Poil-Fol;Sémelay;Sermages;Thaix;Vandenesse
• 61 : Val d’Allier BourbonnaisChantenay-Saint-Imbert;Livry;Tresnay
• 62 : Pelouses de la région vésulienne et la Vallée de la ColombineVallerois-Lorioz;Andelarrot ;Borey ;Calmoutier ;Chariez ;Colombe-lès-Vesoul ;Comberjon ;Dampvalley-lès-Colombe ;Demie ;Échenoz-la-Méline ;Frotey-lès-Vesoul ;Montcey ;Mont-le-Vernois ;Navenne ;Noroy-le-Bourg ;Pusey ;Quincey ;Vaivre-et-Montoille ;Vellefaux ;Vesoul
• 63 : Pelouses de Champlitte, étang de Theuley-lès-VarsChamplitte;Theuley-les-Vars
• 64 : Vallée de la SaôneAthée ;Auxonne ;Brazey-en-Plaine ;Chambeire ;Collonges-et-Premières ;Échenon ;Jancigny ;Labergement-Foigney ;Lamarche-sur-Saône ;Longchamp ;Losne ;Maxilly-sur-Saône ;Poncey-lès-Athée ;Saint-Jean-de-Losne ;Saint-Sauveur ;Saint-Symphorien-sur-Saône ;Saint-Usage ;Talmay ;Tillenay ;Villers-les-Pots ;Vonges;Aisey-et-Richecourt ;Amance ;Amoncourt ;Ancier ;Apremont ;Arc-lès-Gray ;Autet ;Battrans ;Baulay ;Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux-et-Quitteur ;Betaucourt ;Bourbévelle ;Broye-Aubigney-Montseugny ;Bucey-lès-Traves ;Cemboing ;Cendrecourt ;Champvans ;Chantes ;Chargey-lès-Port ;Chassey-lès-Scey ;Chaux-lès-Port ;Chemilly ;Conflandey ;Corre ;Dampierre-sur-Salon ;Esmoulins ;Essertenne-et-Cecey ;Fédry ;Ferrières-lès-Ray ;Ferrières-lès-Scey ;Fleurey-lès-Faverney ;Fouchécourt ;Germigney ;Gevigney-et-Mercey ;Gray ;Gray-la-Ville ;Jonvelle ;Jussey ;Mantoche ;Membrey ;Mercey-sur-Saône ;Montcourt ;Montureux-et-Prantigny ;Montureux-lès-Baulay ;Ormoy ;Ovanches ;Pesmes ;Pontcey ;Port-sur-Saône ;Purgerot ;Ranzevelle ;Ray-sur-Saône ;Recologne ;Rigny ;Rupt-sur-Saône ;Saint-Broing ;Savoyeux ;Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin ;Seveux-Motey ;Soing-Cubry-Charentenay ;Tincey-et-Pontrebeau ;Traves ;Vanne ;Vauchoux ;Velesmes-Échevanne ;Velet ;Vellexon-Queutrey-et-Vaudey ;Vereux ;Vy-lès-Rupt
• 65 : Vallée de la LanterneAbelcourt ;Adelans-et-le-Val-de-Bithaine ;Aillevillers-et-Lyaumont ;Ailloncourt ;Ainvelle ;Anjeux ;Bassigney ;Baudoncourt ;Betoncourt-lès-Brotte ;Betoncourt-Saint-Pancras ;Bouligney ;Bourguignon-lès-Conflans ;Breuches ;Breuchotte ;Breurey-lès-Faverney ;Briaucourt ;Brotte-lès-Luxeuil ;Bruyère ;Chapelle-lès-Luxeuil ;Citers ;Conflans-sur-Lanterne ;Corbenay ;Cubry-lès-Faverney ;Cuve ;Dambenoît-lès-Colombe ;Dampierre-lès-Conflans ;Dampvalley-Saint-Pancras ;Éhuns ;Équevilley ;Esboz-Brest ;Faverney ;Fleurey-lès-Saint-Loup ;Fontaine-lès-Luxeuil ;Fontenois-la-Ville ;Fougerolles-Saint-Valbert ;Francalmont ;Franchevelle ;Froideconche ;Hautevelle ;Jasney ;Lantenot ;Linexert ;Luxeuil-les-Bains ;Magnivray ;Magnoncourt ;Menoux ;Mersuay ;Meurcourt ;Ormoiche ;Pisseure ;Plainemont ;Quers ;Raddon-et-Chapendu ;Rignovelle ;Saint-Bresson ;Saint-Loup-sur-Semouse ;Sainte-Marie-en-Chaux ;Saint-Sauveur ;Vaivre ;Velorcey ;Villedieu-en-Fontenette ;Villers-lès-Luxeuil ;Visoncourt
• 66 : Plateau des Mille Étangs...Amage ;Amont-et-Effreney ;Belonchamp ;Beulotte-Saint-Laurent ;Corravillers ;Écromagny ;Esmoulières ;Faucogney-et-la-Mer ;Fessey ;Fresse ;Lanterne-et-les-Armonts ;Longine ;Mélisey ;Montagne ;Montessaux ;Proiselière-et-Langle ;Rosière ;Saint-Barthélemy ;Saint-Germain ;Sainte-Marie-en-Chanois ;Ternuay-Melay-et-Saint-Hilaire ;Voivre
• 67 : Forêts, landes et marais des Ballons d’Alsace et de ServanceHaut-du-Them-Château-Lambert;Plancher-les-Mines;Auxelles-Haut
• 68 : Pelouse, forêts et habitats à chauves-souris du sud de la vallée de l’Yonne et de ses affluentsAngely;Annay-la-Côte;Arcy-sur-Cure;Bazarnes;Brosses;Charentenay;Coulanges-la-Vineuse;Deux Rivières;Dissangis;Fontenay-près-Vézelay;Fontenay-sous-Fouronnes;Girolles;Givry;Irancy;Isle-sur-Serein;Lucy-le-Bois;Mailly-la-Ville;Mailly-le-Château;Massangis;Merry-sur-Yonne;Précy-le-Sec;Saint-Moré;Sery;Trucy-sur-Yonne;Val-de-Mercy;Vincelles;Voutenay-sur-Cure
• 69 : Landes et Tourbières du Bois de la BicheAppoigny;Branches;Fleury-la-Vallée
• 70 : Marais alcalin et prairies humides de BaonBaon;Tanlay
• 71 : Eboulis calcaires de la vallée de l’ArmançonAsnières-en-Montagne;Cry;Molosmes;Saint-Martin-sur-Armançon
• 72 : Pelouses à orchidées et habitats à chauve-souris des vallées de l’Yonne et de la VanneCelle-Saint-Cyr;Cézy;Paron;Pont-sur-Vanne;Saint-Julien-du-Sault;Saint-Martin-du-Tertre;Vallées de la Vanne;Verlin;Villiers-Louis
• 73 : Milieux humides et habitats à chauves-souris de Puisaye-ForterreDampierre-sous-Bouhy;Bléneau;Courson-les-Carrières;Fontaines;Merry-Sec;Mézilles;Moutiers-en-Puisaye;Saint-Fargeau;Saint-Martin-des-Champs;Saint-Privé;Saints-en-Puisaye;Saint-Sauveur-en-Puisaye;Hauts de Forterre;Thury;Treigny-Perreuse-Sainte-Colombe
• 74 : Étang de GaletasDomats
• 75 : Piémont vosgienChaux ;Éloie ;Étueffont ;Giromagny ;Grosmagny ;Lamadeleine-Val-des-Anges ;Lepuix ;Petitmagny ;Riervescemont ;Rougegoutte ;Rougemont-le-Château ;Vescemont
• 76 : Étangs et Vallées du Territoire de BelfortAngeot ;Anjoutey ;Bessoncourt ;Bethonvilliers ;Boron ;Bourg-sous-Châtelet ;Bourogne ;Brebotte ;Bretagne ;Charmois ;Chèvremont ;Courcelles ;Courtelevant ;Cunelières ;Delle ;Faverois ;Florimont ;Fontaine ;Fontenelle ;Foussemagne ;Frais ;Froidefontaine ;Grandvillars ;Grosne ;Joncherey ;Lachapelle-sous-Rougemont ;Lacollonge ;Lagrange ;Larivière ;Lepuix-Neuf ;Leval ;Menoncourt ;Montreux-Château ;Morvillars ;Novillard ;Petit-Croix ;Petitefontaine ;Phaffans ;Réchésy ;Autrechêne ;Recouvrance ;Saint-Germain-le-Châtelet ;Suarce ;Thiancourt ;Vauthiermont ;Vellescot
• 77 : Réseaux de cavités à Chauves-souris en Franche-ComtéVal-d'Épy;Poligny;Vitreux;Beaumotte-lès-Pin;Fretigney-et-Velloreille
• 78 : Cavités à chauves-souris en BourgogneAncey;Baulme-la-Roche;Blaisy-Haut;Lantenay;Mâlain;Plombières-lès-Dijon;Savigny-sous-Mâlain;Saint-Bris-le-Vineux;Saint-Cyr-les-Colons
• 79 : Gîtes et habitats à chauves-souris en BourgogneAlise-Sainte-Reine;Arnay-sous-Vitteaux;Aubigny-lès-Sombernon;Avosnes;Blaisy-Bas;Blancey;Source-Seine;Bligny-le-Sec;Boussey;Boux-sous-Salmaise;Brain;Bussy-la-Pesle;Bussy-le-Grand;Champrenault;Charencey;Chassey;Chevannay;Civry-en-Montagne;Corpoyer-la-Chapelle;Dampierre-en-Montagne;Darcey;Drée;Éguilly;Flavigny-sur-Ozerain;Gissey-le-Vieil;Gissey-sous-Flavigny;Grésigny-Sainte-Reine;Grosbois-en-Montagne;Hauteroche;Jailly-les-Moulins;Marcellois;Marcilly-et-Dracy;Marigny-le-Cahouët;Massingy-lès-Vitteaux;Ménétreux-le-Pitois;Posanges;Pouillenay;Roche-Vanneau;Saffres;Saint-Anthot;Sainte-Colombe-en-Auxois;Saint-Hélier;Saint-Mesmin;Salmaise;Sombernon;Soussey-sur-Brionne;Thenissey;Trouhaut;Turcey;Uncey-le-Franc;Venarey-les-Laumes;Verrey-sous-Drée;Verrey-sous-Salmaise;Vesvres;Vieilmoulin;Villeberny;Villeferry;Villotte-Saint-Seine;Villy-en-Auxois;Vitteaux;Cessy-les-Bois;Challement;Lys;Saint-Didier;Épinac;Saint-Léger-du-Bois