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- 1 : Côte chalonnaisehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2612001
- 2 : Site des monts du Mâconnais et des roches de Solutré-Pouilly et Vergissonhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600972
- 3 : Prairies et forêts inondables du Val de Saône entre Chalon et Tournus et de la basse vallée de la Grosnehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600976
- 4 : Prairies alluviales et milieux associés de Saône-et-Loirehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2612006
- 5 : Basse Vallée de la Seillehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600979
- 6 : Prairies, bocages, milieux tourbeux et landes sèches de la vallée de la Belainehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600980
- 7 : Étangs à Cistude d’Europe du charolaishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600993
- 8 : Bocage, forêts et milieux humides du bassin de la Grosne et du clunisoishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601016
- 9 : Forêt de ravin et landes du vallon de Canada, barrage du Pont du Roihttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600998
- 10 : Basse vallée du Doubs et étangs associés (71)https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600981
- 11 : Landes sèches et milieux tourbeux du bois du Breuilhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601008
- 12 : Val de Loire bocagerhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2612002
- 13 : Combes de la Côte dijonnaisehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600956
- 14 : Les habitats naturels de l’Arrière-côte de Beaunehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600973
- 15 : Arrière Côte de Dijon et de Beaune
- 16 : Montagne côte d’oriennehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600957
- 17 : Massifs forestiers et vallées du châtillonnais
- 18 : Milieux forestiers du Châtillonnais avec marais tufeux et sites à sabot de Vénushttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600959
- 19 : Marais tufeux du Châtillonnaishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600963
- 20 : Forêt de Cîteaux et environshttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601013
- 21 : Milieux humides, forêts, pelouses et habitats à Chauves-souris du Morvanhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600987
- 22 : Marais tourbeux du plateau de Langres (secteur Sud-Ouest)https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2100275
- 23 : Pelouses et fruticées de la Côte oxfordienne de Bologne à Latreceyhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2100249
- 24 : Combes Derniershttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301281.html
- 25 : Tourbières et ruisseaux de Mouthehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301282.html
- 26 : Vallée du Drugeon et du Haut-Doubshttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301280.html
- 27 : Vallons de la Drésine et de la Bonavettehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301283.html
- 28 : Le Crêt des Rocheshttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301288.html
- 29 : Côte de Champvermolhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301289.html
- 30 : Tourbières et lacs - Chapelle-des-Bois et Bellefontainehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301309.html
- 31 : Massif du Mont-d’Or, du Noirmont et du Risolhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301290.html
- 32 : Vallées de la Loue et du Lisonhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301291.html
- 33 : Moyenne Vallée du Doubshttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301294.html
- 34 : Vallée du Dessoubrehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301298.html
- 35 : Bresse jurassiennehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301306.html
- 36 : Vallée de l’Orbehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301308.html
- 37 : La combe du Lachttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301310.html
- 38 : Grandvauxhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301313.html
- 39 : Combe du Nanchezhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301315.html
- 40 : Plateau du Lizonhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301316.html
- 41 : Forêt de Chauxhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301317.html
- 42 : Massif de la Serrehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301318.html
- 43 : Forêt du Massacrehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301320.html
- 44 : Reculée des Planches-près-Arboishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301321.html
- 45 : Reculées de la Haute Seillehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301322.html
- 46 : Basse vallée du Doubs (39)https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301323.html
- 47 : Etival-Assencièrehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301327.html
- 48 : Entrecôtes du Milieu - Malvauxhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301328.html
- 49 : Complexe des sept lacs du Jurahttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301330.html
- 50 : Vallées et Côtes de la Bienne, du Tacon et du Flumenhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301331.html
- 51 : Forêts, corniches calcaires, ruisseaux et marais de Vulvoz à Viryhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301332.html
- 52 : Petite Montagne du Jurahttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301334.html
- 53 : Plateau de Mancyhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4302001
- 54 : Massif du Risouxhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301319.html
- 55 : Vallées de la Loire et de l’Allier entre Cher et Nièvrehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600965
- 56 : Val de Loire nivernaishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600966
- 57 : Pelouses calcicoles et falaises des environs de Clamecyhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600970
- 58 : Complexe des Etangs du Bazoishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600994
- 59 : Bocages, forêts et milieux humides des Amognes et du bassin de La Machinehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601014
- 60 : Bocage, Forêts et Milieux humides du Sud Morvanhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601015
- 61 : Val d’Allier Bourbonnaishttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR8310079
- 62 : Pelouses de la région vésulienne et la Vallée de la Colombinehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301338
- 63 : Pelouses de Champlitte, étang de Theuley-lès-Varshttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301340
- 64 : Vallée de la Saônehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301342
- 65 : Vallée de la Lanternehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301344
- 66 : Plateau des Mille Étangs...https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301346
- 67 : Forêts, landes et marais des Ballons d’Alsace et de Servancehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301347
- 68 : Pelouse, forêts et habitats à chauves-souris du sud de la vallée de l’Yonne et de ses affluentshttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600974
- 69 : Landes et Tourbières du Bois de la Bichehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600990
- 70 : Marais alcalin et prairies humides de Baonhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600996
- 71 : Eboulis calcaires de la vallée de l’Armançonhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601004
- 72 : Pelouses à orchidées et habitats à chauve-souris des vallées de l’Yonne et de la Vannehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601005
- 73 : Milieux humides et habitats à chauves-souris de Puisaye-Forterrehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601011
- 74 : Étang de Galetashttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2612008
- 75 : Piémont vosgienhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301348
- 76 : Étangs et Vallées du Territoire de Belforthttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301350
- 77 : Réseaux de cavités à Chauves-souris en Franche-Comtéhttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301345;https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR4301351
- 78 : Cavités à chauves-souris en Bourgognehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600975
- 79 : Gîtes et habitats à chauves-souris en Bourgognehttps://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2601012
